《噩夢運輸船3》的背景設定在2249年，人類由于過度開采自然資源處于瀕臨滅絕的邊緣，唯一的希望就是尋找其他星球的資源。來自聯合探索組織(United Exploration Corporation)的兩個主要力量負責向外太空發(fā)射探測器尋找新的能源資源。在距第一顆探測器發(fā)射60年之后，人們發(fā)現了一顆名叫Argos 9的星球，并探知它的地表下蘊藏著一種具有特殊性質的金屬。